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Jacques Ier ayant choisi de partager son domaine entre ses deux fils Pierre et Jacques, la Seigneurie de Montpellier devint possession de Jacques II, Roi de Majorque et Comte de Roussillon, en 1276. La ville resta sous la tutelle du royaume de Majorque jusqu’en 1349 où le seigneur Jacques III, ruiné, la vend à Philippe VI de Valois. L’autorité des Valois correspond à une époque de misères, de crises graves, de décadence. On y ressent les effets de la guerre de Cent ans.

Cependant les écoles conservent leur notoriété et leur prestige et en 1289, les Écoles de Médecine et de Droit de Montpellier très ouvertes aux pensées juives et arabes se voient accorder le statut officiel d’Universités par le pape Nicolas IV. C’est une consécration pour les centres d’enseignement et de savoir de la ville dont les diplômes sont dès cet instant reconnus dans toute la Chrétienté. Rabelais, Rondelet, Nostradamus, Griffi y feront leurs études.

La période de prospérité de la ville s’achève au cours de la seconde moitié du XIVe siècle avec la grande peste qui touche la ville comme le reste de l’Europe, décimant la population. A la fin du siècle, Montpellier n’est plus que l’ombre d’elle-même, ainsi qu’en témoigne Pétrarque dans les années 1360, horrifié par le changement qu’il découvre dans cette ville qu’il avait beaucoup appréciée.

Au XVe siècle, la ville se redresse économiquement grâce à l’activité du port de Lattes et au génie de Jacques Cœur, grand argentier du roi Charles VII. Au siècle suivant, Louis XI ordonne la création d’une Cour des aides à Montpellier en 1467 et la Faculté de Médecine de Montpellier bénéficie en 1593 de la création d’un Jardin des Plantes qui est aujourd’hui le plus ancien de France.

Supprimé à Maguelone en 1536, le siège épiscopal s’établit finalement à Montpellier. La cathédrale Saint-Pierre est alors construite sur le site de l’église du monastère Saint-Benoît, fondée en 1364. De l’ancien édifice gothique consacré par Urbain V ne subsistent que le massif de façade et les deux tours-clochers. Son plan bien qu’inspiré du modèle méridional comprend des influences avignonnaises manifestes, notamment dans la forme et la sobriété des arcs et des supports des colonnes.

Au XVIème siècle, la Réforme protestante s’étend à Montpellier où elle trouve beaucoup d’adhérents et Montpellier devient un bastion du protestantisme et de la résistance à la couronne catholique française. Un des plus beaux temples de l’époque est construit à l’emplacement de la préfecture actuelle mais au cours des décennies suivantes, les guerres de religion entraînent la destruction de la quasi-totalité des édifices catholiques situés à l’intérieur des murailles de la ville. La cathédrale Saint-Pierre fut la seule à ne pas être détruite bien que des séquelles de cette période lui soient restées durablement.

Entre 1572 et 1576, les protestants montpelliérains s’allient au gouverneur Montmorency-Damville mais la trahison de ce dernier au profit du roi en 1576 provoque le soulèvement de la ville. François de Châtillon défend Montpellier contre le siège instigué par le gouverneur et va recruter des renforts jusqu’à Bergerac.

En 1598, l’édit de Nantes désigne Montpellier comme une des places fortes où le culte protestant est reconnu. Vingt années de calme sont rompues par un dernier soubresaut des guerres de religion  : en 1622, Louis XIII dirige un siège contre la ville rebelle qui capitule après deux mois de pilonnage intense. L’autorité du roi est rétablie et symbolisée par la construction d’une puissante citadelle. Le retour de la domination catholique est définitivement assuré par l’édit de Fontainebleau de 1685, la destruction des temples protestants ainsi que par le bannissement des pasteurs. Depuis, la ville est majoritairement catholique, bien qu’elle ait conservé de fortes minorités protestantes et musulmanes parmi sa population.

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